L'esposizione è ospitata nelle logge sovrapposte che costituivano il chiostrino quattrocentesco dell’antico convento francescano.
Il pregevole complesso architettonico fu fondato nel 1361 ed edificato dai maestri comacini, come confermano l’iscrizione nell’ingresso e i simboli scolpiti in alcuni blocchi di pietra della parete ovest ancora visibili passando nella contrada adiacente.
Nel corso dei secoli la costruzione ha subito notevoli trasformazioni e solo le mura esterne conservano le originali caratteristiche. L’interno della chiesa è stato radicalmente ristrutturato nel tardo Settecento.
Il Museo, inaugurato nel 1966, si articola nella sezione di arte sacra e nella pinacoteca; in mostra gli esemplari più significativi del ricco patrimonio artistico del Convento e di altre chiese francescane: dipinti su tavola e su tela, un prezioso affresco proveniente dalla attigua chiesa, arredi, suppellettili e paramenti dal XIV al XVIII secolo, a testimoniare la storia della presenza dei Conventuali e il loro ruolo nell’evoluzione dell’arte e della cultura nella Repubblica.
Due piccole sale annesse al Museo ospitano la raccolta dedicata all'artista Emilio Ambron, costituita da dipinti e sculture della prima metà del ‘900, donate dall'autore.